Emil Aaltosen Säätiö aloitti toimintansa 16.12.1937. Säätiön hallituksen ensimmäiseksi puheenjohtajaksi Emil Aaltonen pyysi germaanisten kielten tutkijan, Helsingin Yliopiston rehtorina ja kanslerina toimineen Hugo Suolahden. Muiksi jäseniksi hallitukseen kutsuttiin professori, metsätieteilijä Olli Heikinheimo ja professori V. A. Koskenniemi. Asiamieheksi Emil Aaltonen pyysi vävynsä, varatuomari Lauri J. Kivekkään.

Säätiön alkupääoma muodostui Emil Aaltosen huomattavista pääomasiirroista, joiden korkotuloista hän määräsi vuosittain jaettavaksi ”raha-avustusta” nuorille ja varttuneille suomenkielisille tutkijoille. Pääomasiirrot pitivät sisällään yli 40.000 Lokomon ja 4.000 KOP:n osaketta. Myöhemmin hän lahjoitti mm. 10 prosenttia Aaltosen Kenkätehdas Oy:n osakekannasta säätiölle.

Säätiön perustamisesta kerrottiin julkisuudessa vuorineuvoksen arvon saaneen Emil Aaltosen viettäessä yrittäjätoimintansa alkamisen 50-vuotispäivää 3.6.1939.  Säätiön hallitus kokoontui tuolloin ensimmäiseen varsinaiseen vuosikokoukseensa.

Ensimmäisen kerran apurahat julistettiin haettaviksi syksyllä 1940. Hallitus oli yksimielinen siitä, että apurahojen tuli olla niin suuria, että niiden saajilla oli mahdollisuus suorittaa työnsä tuloksellisesti loppuun. Apurahat oli myös myönnettävä tutkijoiden henkilökohtaiseen tai heidän johtamaansa tieteellistä työtä varten.

Museossa avoinna oleva näyttely esittelee Säätiön 70-vuotista toimintaa kuvin, sanoin, graafisin tilastoin ja multimedian välityksellä.